Szkolenie praktyczne z podstaw Bioinformatyki

Dzień I

• Wstęp teoretyczny

• Biologiczne bazy danych (stąd czerpać dane porównawcze, jak je rozumieć i analizować?)

• Pobieranie sekwencji nukleotydowych oraz całych genomów z bazy NCBI

• Omówienie formatów plików w jakich przechowywane są sekwencje nukleotydowe i aminokwasowe

• Analizy dopasowania (uliniowienia) sekwencji nukleotydowych oraz aminokwasowych

• Analizy chromatogramów pozyskanych z sekwencjonowania metodą Sangera. Popularne programy do ich wizualizacji

• Identyfikacja nieznanego drobnoustroju poprzez przyrównanie sekwencji nukleotydowej do sekwencji referencyjnych dostępnych w publicznych bazach danych. Analiza wyników przeszukiwania z zastosowaniem algorytmu BLAST.

• Zastosowanie narzędzi sztucznej inteligencji w pracy naukowej – np. elicit, litmaps, consensus.

• Modelowanie struktury 3-rzędowej białek (alphafold, baza danych Uniprot)

Dzień II

• Wstęp teoretyczny

• Wykonanie analizy filogenetycznej: struktura drzewa filogenetycznego, dobór modelu substytucji, metody konstrukcji drzew (metody przyłączenia sąsiadów, średnich połączeń, parsymonii, największej wiarygodności), weryfikacja poprawności drzew

• Projektowanie starterów do reakcji PCR

• Wstęp do genomiki porównawczej. Bazy danych – pozyskiwanie i deponowanie odczytów z sekwencjonowania nowej generacji. Jak analizować takie dane? Przeprowadzenie przykładowych analiz z genomiki porównawczej na zewnętrznych serwerach (porównanie sekwencji całych genomów – przyrównania lokalne i globalne, GGDH, ANI, diagramy Venna, analiza pangenomu, poszukiwanie sekwencji plazmidowych, profagów, anotacja funkcjonalna COG, KEGG).

• Analiza syntenii całych genomów z użyciem Mauve

  Wymagane jest posiadanie komputera z systemem operacyjnym Windows (część ze stosowanych programów gorzej pracuje na systemach Mac), organizator zapewni dostęp do Internetu. Szkolenie będzie prowadzone w niewielkich grupach (do 8 osób) w Laboratorium Badawczo-Wdrożeniowym MWB UG i GUMed (ul. Podwale Przedmiejskie 20, 80-824 Gdańsk, Polska), co pozwoli na samodzielne przeprowadzenie wszystkich doświadczeń w warunkach umożliwiających zdobycie potrzebnej praktyki. Zajęcia będą prowadzone przez doświadczonych pracowników naukowo-dydaktycznych, specjalistów oraz praktyków z danej dziedziny. Każdego dnia zapewnione zostaną dwie przerwy kawowe oraz lunch. Uczestnicy kursu otrzymają certyfikaty potwierdzające udział w szkoleniu i nabycie przedmiotowych umiejętności.